Антибиотиктердің әрқайсысының әсер ету механизмі әртүрлі. Сондықтан антибиотиктерді қабылдаудың толық курсынан өтіп, олардың дұрыс дозасын таңдау маңызды. Мұны тек емдеуші дәрігер жасай алады. Бактериялық инфекцияларды емдеудің үлкен проблемасы микроорганизмдер резистенттілікті, яғни антибиотиктерге қарсы тұруды тудырады. Антибиотиктер барлық дәрілік заттар сияқты жанама әсерлерді тудыруы мүмкін. Негізінен бұл аллергиялық және уытты реакциялар. Антибиотик “жақсы” бактерияларды өлтіреді, оның міндеттерінің бірі — патогенді флораны ұстау. Сондықтан антибиотиктерді қабылдау аясында зең аурулары жиі дамиды, іш қату, диарея, дисбактериоз жиі кездеседі.